Не только отца лишились мы с кончиной святейшего патриарха, мы лишились в нём доброго пастыря и мудрого кормчего корабля церковного. Церковь православная скорбит об его утрате. Он весь принадлежит Церкви Божией… На короткое время судил ему Господь восприять высокое звание патриарха Московского и всея Руси, главы Церкви Российской, как бы для того только, чтобы дать ему полноту славы церковной в воздаяние его великих заслуг церковных.

В тот же день был избран и Священный синод при патриархе, состоявший их трёх постоянных и трёх временных членов. Постоянными членами стали митрополиты Алексий (Симанский) и Николай (Ярушевич), архиепископ Горьковский Сергий (Гришин). Временных членов предполагалось выбирать в порядке старшинства на полугодовые сессии от каждой из трёх групп епархий: северо-восточной, центральной и южной.

Властям необходимо было определить, в отношении какой из религиозных организаций будет сделан первый шаг в установлении официальных публичных связей. Собственно, речь могла идти только о русском православии, но либо о «сергиевской» («тихоновской») церкви, либо об обновленческой церкви. Сталин подошел к выбору с прагматической позиции.

В стремлении взять под контроль деятельность религиозных организаций оккупационные власти создавали при городских управах отделы по руководству церковными делами. Их деятельность включала в себя подбор церковных кадров, организацию работы церквей, составление расписания церковных служб и т. п. Стоит отметить, что в рейхскомиссариатствах по-разному относились к Русской православной церкви.

Первые несколько дней по приезде Сергий и сопровождавшие его жили в вагоне, в котором прибыли из Москвы. Затем нашли небольшую квартиру в городе, куда Сергий и переселился. Городские власти предложили для нужд патриархии отдельный особняк, но от него пришлось отказаться из-за дальности расположения от центра и плохого с ним сообщения.