Во второй половине 30-х годов с ростом в стране репрессий на острова попадают многие ученые, старые партийные кадры, работники Коминтерна, работники НКВД, эмигранты, деятели культуры. Соловки были опытным полигоном, где вырабатывались нормы и методы, позже широко примененные в ГУЛАГе. Организация работы и быта зеков, виды наказаний, изощренные приемы допросов и психологического давления – вся эта машина зла изобреталась там. Лишь избранным посчастливилось выжить.

К этому времени на всей территории Восточной Белоруссии не было ни одного епископа, был только один действующий храм; духовенство в большинстве своем было арестовано, многие расстреляны; церкви превращены в клубы, театры, амбары, или разрушены; почти все церковное имущество разгромлено и уничтожено. Отец Серафим писал в своем отчете, что народ радуется открытию церквей.

«Имеются достоверные сведения, что Преосвященный Митрополит Экзарх западных областей Украины и Белоруссии Николай, вынужденный покинуть свою главную квартиру в Луцке, не пожелал оставаться праздным в столь ответственное время. Переезжая с место на место в прифронтовой полосе, он своим богослужением и архипастырским словом неустанно поддерживает дух местного населения на должной высоте, что в свою очередь дает нравственную опору и нашей сражающейся Красной Армии”.

Начало Второй мировой войны застало 64-летнего епископа Луку Войно-Ясенецкого в третьей ссылке. Он отправляет телеграмму Калинину, в которой пишет: «являясь специалистом по гнойной хирургии, могу оказать помощь воинам в условиях фронта или тыла, там, где мне будет доверено… По окончании войны готов вернуться в ссылку. Епископ Лука».