1 июня 1939 г. этап из Новочеркасска отправился во Владивосток. Заключенные ехали в товарных вагонах. Но, несмотря на строгий режим и почти полную изоляцию от внешнего мира, узники умудрялись выбрасывать на волю через зарешеченные окна весточки о себе. Это были маленькие листочки тонкой папиросной бумаги, предназначенной для того, чтобы насыпать в них махорку и свернуть так называемую самокрутку.
Пришли четыре письма отца из Новочеркасской тюрьмы. Из них, выхолощенных цензурой, можно было понять только, что жив да здоров, чувствует себя сносно, всё благополучно. Первая страница представляла собой описание того как отец живёт и что жить, в общем, можно. Вторая была вся вымарана, да так искусно, что ни на свет, ни с лупой ни одной буквы не разобрать...
Он был убежден, что следователи Быков и Шестаков ничего не понимают, это просто пешки, выполняющие чей-то нелепый приказ. На суде все должно быть иначе, члены суда наверняка серьезные люди. Он ни в чем не виноват и это очень легко установить – ведь никаких доказательств его вины просто не существует. Он может все объяснить. Но… его объяснения, оказывается, никого не интересовали.
Эти материалы просто уничтожающие: «Методика работы КОРОЛЕВА была поставлена так, чтобы сорвать выполнение столь серьезных заказов путем создания определенных трудностей, запутывания существа дела ведением кустарного метода работы и непроизводительным расходованием средств». Все перечисленные факты сводились к одному выводу: умышленное вредительство. Разумеется этот акт давал в руки следователям как бы «дополнительные доказательства» вины отца, хотя им, убежденным в его виновности еще до ареста, это вряд ли было необходимо...
По прибытии в тюрьму отец заполнил «анкету арестованного», в левом верхнем углу которой значилось «вредит». В тот же день его сфотографировали анфас и в профиль и вызвали на допрос к следователю – сержанту госбезопасности Быкову. На вопрос: «Вы арестованы за антисоветскую деятельность. Признаете себя виновным?» - был дан ответ: «Нет, не признаю. Никакой антисоветской деятельностью я не занимался».
Военная коллегия Верховного суда СССР приговорила "Королёва Сергея Павловича к тюремному заключению на десять лет, с поражением в политических правах на пять лет и с конфискацией всего, лично ему принадлежащего имущества".
Для Королёва началась полоса путешествий по тюрьмам: из Бутырской тюрьмы - во внутреннюю на Лубянке, обратно в Бутырскую, затем в пересыльную Новочеркасскую, оттуда "по этапу" во Владивосток и далее через Магадан на Колыму.
